Die Peterskirche in der Merseburger Altenburg wird zum ersten MaI in einer Urkunde aus dem Jahre 1012 erwähnt. Sie war dem Chronisten Brotuff zufolge mit einem Chorherrenstift verbunden, das Kaiser Otto I. bei der Gründung des Bistums von der Johanneskirche als dem neuen Dom hierher umgesiedelt haben soll.

Die Fundamente dieser Kirche sind in den 20er Jahren teilweise ergraben worden: eine dreischiffige Basilika mit östlichem Querhaus und einer Klausuranlage auf ihrer Südseite. Die Bauzeit ist unbekannt. Nach dem Grabungsplan hatte sie vermutlich einen wesentlich kleineren – einschiffigen Vorgängerbau.